托马斯与伙伴纽特、米诺一行人在逃离了迷宫之后，被带到一座神秘的庇护所，这个机构由表里不一的詹森所管理，詹森为他们提供安稳且舒适的环境，并下令让幽地斗士们在医疗实验室中接受一连串的测试，詹森向托马斯保证将会把他们送到更加安全的保护区与其他对闪焰症病毒免疫的年轻人一同居住。察觉事有蹊跷的托马斯决定再次带领他的伙伴们逃出詹森的掌控，然而等待他们的，却是比迷宫更加危机四伏的荒漠焦土。一行人必须踏上焦土，再度和组织WICKED对抗，并在两周时间内，穿过地球上这一个被太阳耀斑炙烤的最灼热土地，到达北方的避难所。